今まで（私が知る限り）FFFTPにしか出来なかった、リモートサイトとローカルサイトのディレクトリ（フォルダ）の同時移動が、FileZilla 3.2.1から出来るようになりました。
以前のバージョンをからは、そのままアップデート出来ます。
インストールが終わったら、起動してリモートサイトに接続し、赤丸で囲んだ鎖のようなアイコンをクリックします。
マウスをこのアイコンにフォーカスすると、
「Toggle synchronized browsing.
If enabled, navigating the local directory hierarchy will also change the directory on the server accordingly and vice versa.」
という英語の説明が表示されます。（ここはまだ日本語化されてないです）
「同期表示機能の切り替え。
この機能を有効にすれば、ローカルのディレクトリの移動に合わせて、サーバーのディレクトリも移動しますし、また、その逆もしかりです」
というような意味です。（大雑把だなぁ）
ローカルサイト（ローカルディレクトリ）とリモートサイト（サーバーのディレクトリ）で“『同じディレクトリ名』”があった場合に、それをダブルクリックすると、ローカルサイトとリモートサイトが同時に移動します。
FFFTPではずいぶん昔から出来ていた機能で、とても作業効率が上がる機能です。
FileZillaにも欲しいと思っていたのですが、とうとう出来るようになって嬉しいです。
2009年1月31日にRC1版で実装されて、2月13日に正式版になったようです。
開発者の皆さんにはとても感謝です。
FFFTPを使えばいいのに～、という感じですが、FFFTPではSFTPでの接続が出来ないのと、FileZillaの方が転送スピードが速いので、FileZillaを使っています。（SFTP対応版FFFTPもあるらしいのですが、いずれにしても転送スピードの違いが大きいので）
【FileZillaの記事】
【公式サイト】
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